Vive Github Pages!

Ce blogue est déménagé à l'adresse loicseguin.github.com Pour faire une histoire courte, je n'ai pas eu le temps d'écrire des articles de blogue depuis belle lurette, et j'ai tenté de vivre avec moins de Google. Dans le futur, les rares articles de blogue seront envoyés sur mon nouveau blogue hébergé à l'aide du service Github Pages.

Dictionnaire français pour Vim

Vim possède un correcteur d'orthographe. On peut l'activer avec

:set spell

puis on passe à l'erreur suivante avec ]s.

Par défaut, seuls des dictionnaires anglais sont fournis avec MacVim. Installer un dictionnaire français se fait automatiquement si on définit la variable spelllang pour le français :

:set spelllang=fr

Ensuite, il ne reste plus qu'à activer la correction automatique et à regarder MacVim se connecter à un serveur ftp pour y télécharger les fichiers nécessaires.

Information trouvée dans les archives de comp.editors sur usenet (http://newsgroups.derkeiler.com/Archive/Comp/comp.editors/2006-04/msg00241.html).

64 bits Python installation on MacOS X Snow Leopard

N.B. : Pour une raison mystérieuse, j'ai rédigé cet article en anglais. Désolé pour ceux qui ne lisent pas l'anglais. J'essaierai de ne pas recommencer.

Here is how I installed Python 2.6.5 on my machine. Here is what I get at the end:

1. Python 2.6.5 with both 32 bits and 64 bits executables
2. Virtual environments with virtualenv
3. 64 bits NumPy, SciPy and Matplotlib
4. A bunch of other useful packages
5. The power of Python

I based myself mostly on this post by Jesse Noller and this one by HyperJeff. Unfortunately, the instructions in these posts were not completely sufficient for me and I had to fiddle around a lot to get the complete setup I was looking for.

Python

Download the latest Python source code and unpack it

$ curl -O http://www.python.org/ftp/python/2.6.5/Python-2.6.5.tar.bz2

$ tar jxvf Python-2.6.5.tar.bz2

To build an installer for Snow Leopard, we need to tweak one line of the

script.

$ cd Python-2.6.5/Mac/BuildScript/

$ mvim build-installer.py

Here, I used MacVIM to edit the file. Use whatever editor you like. At

line 78, replace

SDKPATH = "/Developer/SDKs/MacOSX10.4u.sdk"

by

SDKPATH = "/Developer/SDKs/MacOSX10.6.sdk"

And around line 139 replace

if DEPTARGET < '10.5':

by

if DEPTARGET < '10.7':

Before running the script, I had to create the directory where

third-party sources would be downloaded.

$ mkdir ~/Universal/other-sources

All you have to do, is to run the script:

$ ./build-installer.py --dep-target=10.6 --universal-archs=intel

This will build an installer for 64 bits Python 2.6.5 with support for

readline. The disk image containing the installer is located in

/tmp/_py/diskimage/. Just mount the dmg file and install Python by double clicking on the pkg file.

By default, python is a symlink to the 32-bit version, and so is pythonw.

To change that, simply modify the symlinks in

/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/bin/ as follow:

$ cd /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/bin/

$ sudo rm python python2.6 pythonw pythonw2.6

$ sudo ln -s python2.6-64 python

$ sudo ln -s python2.6-64 python2.6

$ sudo ln -s pythonw2.6-64 pythonw

$ sudo ln -s pythonw2.6-64 pythonw2.6

Virtualenv

This nice utility allows one to have many different python environment

each of which is independent. You can then install a bunch of packages

in an environment. If you need a fresh environment, you then just create

a new virtualenv. You are free to switch from one virtualenv to another.

Start by installing easy_install and pip.

$ curl -O http://peak.telecommunity.com/dist/ez_setup.py

$ sudo python ez_setup.py

$ curl -O http://pypi.python.org/packages/source/p/pip/pip-0.7.2.tar.gz

$ tar zxvf pip-0.7.2.tar.gz

$ cd pip-0.7.2

$ sudo python setup.py install

Then, move on to install virtualenv and a wrapper script.

$ sudo pip install virtualenv

$ sudo pip install virtualenvwrapper

Create a directory for you virtual environments.

$ mkdir -p ~/local/virtualenvs

Add the following to your ~/.bash_profile.

export WORKON_HOME=$HOME/local/virtualenvs

source /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/bin/virtualenvwrapper.sh

workon default

Source the .bash_profile file.

$ . ~/.bash_profile

Finally, just create the default virtual environment.

$ mkvirtualenv default

Numpy and SciPy

These two are by far the most annoying (but also the most useful). They depend on a few libraries which are either required or enhance efficiency a lot.

Download and install gfortran.

$ curl -O http://r.research.att.com/gfortran-4.2.3.dmg

Download and install FFTW.

$ curl -O http://www.fftw.org/fftw-3.2.2.tar.gz

$ tar zxvf fftw-3.2.2.tar.gz

$ cd fftw-3.2.2

$ ./configure CC="gcc -arch i386 -arch x86_64" CXX="g++ -arch i386 -arch x86_64" CPP="gcc -E" CXXCPP="g++ -E"

$ make

$ sudo make install

Download and install UMFPACK.

$ curl -O http://www.cise.ufl.edu/research/sparse/umfpack/UMFPACK-5.5.0.tar.gz

$ tar zxvf http://www.cise.ufl.edu/research/sparse/umfpack/UMFPACK-5.5.0.tar.gz

$ curl -O http://www.cise.ufl.edu/research/sparse/UFconfig/UFconfig-3.5.0.tar.gz

$ tar zxvf http://www.cise.ufl.edu/research/sparse/UFconfig/UFconfig-3.5.0.tar.gz

$ curl -O http://www.cise.ufl.edu/research/sparse/amd/AMD-2.2.1.tar.gz

$ tar zxvf http://www.cise.ufl.edu/research/sparse/amd/AMD-2.2.1.tar.gz

In the file UFconfig/UFconfig.mk, uncommment lines 284 through 287 and add

-DNCHOLMOD to the UMFPACK_CONFIG variable on line 154.

F77 = gfortran

CFLAGS = -O3 -fno-common -no-cpp-precomp -fexceptions

BLAS = -framework Accelerate

LAPACK = -framework Accelerate

The Makefile for UFconfig needs to be changed at line 28 in the install

target. There is a mistake on the location of the library. The line should

read

$(CP) libufconfig.a $(INSTALL_LIB)/libufconfig.$(VERSION).a

Then, build and install the various parts.

$ cd UMFPACK

$ make library

$ sudo make install

$ cd ../AMD

$ sudo make install

$ cd ../UFconfig

$ make

$ sudo make install

This will build UFMPACK, AMD and UFconfig and install the headers and

libraries in /usr/local.

Download NumPy from the SourceForge download page

http://sourceforge.net/projects/numpy/files/NumPy/1.4.1/numpy-1.4.1.tar.gz/download and then install it.

$ tar zxvf numpy-1.4.1.tar.gz

$ cd numpy-1.4.1

$ python setup.py build

$ python setup.py install

Download SciPy from the SourceForge download page

http://sourceforge.net/projects/scipy/files/scipy/0.8.0b1/scipy-0.8.0b1.tar.gz/download and then install it.

$ tar zxvf scipy-0.8.0b1.tar.gz

$ cd scipy-0.8.0b1

$ python setup.py build

$ python setup.py install

Matplotlib

Download from http://sourceforge.net/projects/matplotlib/files/matplotlib/matplotlib-0.99.3/matplotlib-0.99.3.tar.gz/download and untar.

$ tar zxvf matplotlib-0.99.3.tar.gz

$ cd matplotlib-0.99.3

The file make.osx is what is used now. However, as of this writing, using this file as is does not work. First, apply this patch

http://sourceforge.net/tracker/download.php?group_id=80706&atid=560722&file_id=369204&aid=2981126

and then change the zlib version in make.osx to 1.2.5. Then, run

$ PREFIX=~/local/virtualenvs/default make -f make.osx fetch deps mpl_build mpl_install

Other useful packages

$ pip install mercurial

$ pip install ipython

$ pip install networkx

$ pip install nose

$ pip install sphinx

$ pip install sympy

References

http://matplotlib.sourceforge.net/users/installing.html

http://blog.hyperjeff.net/?p=160

http://docs.python.org/install/index.html

http://cran.r-project.org/bin/macosx/tools/

http://mail.python.org/pipermail/pythonmac-sig/2009-May/021289.html

http://jessenoller.com/2009/03/16/so-you-want-to-use-python-on-the-mac/

Consommation d'énergie et émission de gaz à effet de serre au Canada

En faisant quelques recherches sur Internet, je suis tombé sur des données relatives à la consommation d'énergie et à l'émission de GES par les foyers canadiens pour la période de 1990 à 2007. Ces données sont rendues publiques par l'Office de l'efficacité énergétique de Ressources naturelles Canada. Elles proviennent principalement de Statistique Canada.

Les données sont disponible sous la forme d'un document Excel (res_ca_1_e.xls). J'ai utilisé Python, Matplotlib et un module nommé xlrd pour visualiser les données. Python et Matplotlib n'ont probablement pas besoin de présentation. xlrd est un module qui permet d'extraire les information d'un fichier Excel à partir de Python. Une introduction à l'utilisation de xlrd est disponible sur scienceoss.com. Mon script Python est disponible ici.

Je dois avoué avoir été assez surpris du faible taux d'augmentation de la consommation d'électricité et des émissions de GES. Bien sûr, il est navrant qu'on parle d'augmentation alors que les objectifs du protocole de Kyoto étaient de réduire les émissions de GES par rapport à celles de 1990. Néanmoins, si l'on en croit ces données, la situation n'est pas si terrible au Canada.

Spinify 2.2

Je viens tout juste de lancer la nouvelle version du logiciel de simulation numérique du modèle d'Ising Spinify. La version 2.2 comporte plusieurs corrections de bogues de même qu'une réécriture complète de l'interface en ligne de commande (CLI). Vous pouvez télécharger le programme sur bitbucket: spinify-2.2.tar.gz.

L'usager peut maintenant configurer tous les paramètres utilisés dans la simulation de même que dans la génération des graphes. Ces paramètres peuvent être spécifiés à la ligne de commande ou dans un fichier de configuration qui sera lu par le programme. Tous les détails sont disponibles dans la page de manuel de spinify(1).

De plus, cette version introduit de nouvelles quantités mesurables lors de la simulation. L'usager peut maintenant choisir parmi l'énergie interne par site, la magnétisation et la susceptibilité magnétique. Autant d'outils pour analyser le comportement du modèle aux abords de la température critique (de même que pour trouver cette température critique).

Enfin, j'utilise maintenant GNU Autotools pour compiler le logiciel. En théorie, Spinify devrait compiler sans problème sur n'importe quel système Unix ou Linux.

Si vous utilisez ce logiciel et que vous avez des commentaires ou que vous avez des questions à son propos, n'hésitez pas à me contacter par l'entremise de la liste d'envoi spinify-discuss@googlegroups.com.